V letech 1994 až 2000 působil na různých pozicích ve francouzské nadnárodní společnosti Lafarge Group. Zpočátku této kariéry to byly 2 roky na pozici marketingového ředitele Lafarge Centre Europe, poté až do roku 2000 na pozici generálního ředitele Lafarge Colbet a.s.
V roce 2001 se stává generálním ředitelem akciové společnosti Paramo v Pardubicích. V krátké době byla tato společnost pod Borovičkovým vedením vyvedena ze ztráty. Restrukturalizace se netýkala pouze samotného Parama, ale rovněž jeho 11 dceřiných společností. Osm z nich bylo prodáno, dvě dcery byly navrženy do konkurzu a zůstala jediná, kde si matka ponechala podíl. Tvrdá, ale nutná restrukturalizace přinesla ovoce v podobě ziskového Parama v dalším období.
Po dvou letech v čele pardubického Parama dostává Ing. Martin Borovička další úkol, který osobně bere jako výzvu – stává se generálním ředitelem akciové společnosti Aliachem a jeho odštěpného závodu Synthesia Pardubice, který je sice největším z chemických gigantů v České republice, ale potřebuje totéž, co Paramo – restrukturalizaci. Ing. Martin Borovička se na ní podílí až do konce roku 2004.
Zatímco ve skupině Lafarge zakládal společnosti takzvaně „na zelené louce“, jeho působení ve společnostech skupiny Unipetrol (Paramo, Synthesia) mělo charakter krizového řízení.
V letech 2005 až 2011 působil na pozici generálního ředitele stavební společnosti SYNER ,s.r.o. a od roku 2007 až do poloviny roku 2017 byl předsedou představenstva a generálním ředitelem developerské a stavební skupiny S group holding,a.s..
Od roku 2018 zastává funkci předsedy představenstva ve společnostech Čermák a Hrachovec a.s. a VHS stavby a.s.